O Jardim Botânico de Recife possui área própria de produção de mudas, com aproximadamente 3.000m² e capacidade de alojar 5 mil mudas, predominantemente de espécies nativas de Mata Atlântica, com o objetivo de suprir a demanda interna em reflorestamentos de seu fragmento de mata, bem como das unidades protegidas e arborização urbana na cidade do Recife.
Tendo como responsáveis técnicos um engenheiro agrônomo, um biólogo e dois engenheiros florestais, o viveiro produz mudas a partir de sementes de espécies nativas de Mata Atlântica, coletadas na própria área do JBR ou em expedições organizadas em outras unidades de conservação, onde são registrados os locais e as datas das coletas.
Constantemente é realizado todo registro referente à produção e destinação de mudas, seja para suprir a demanda interna ou reflorestamento das unidades protegidas, ou seja para casos específicos de doação para eventos em escolas públicas/privadas, ou ainda, outros órgãos e entidades não governamentais ou governamentais.
A produção de mudas é feita de forma sexuada, indireta, havendo o semeio em canteiros e posterior repicagem para garrafas pet (material reaproveitável) ou sacos de polietileno de vários tamanhos, a depender do espécie ou da finalidade das mudas (reflorestamento, arborização urbana etc.). Como substrato, é utilizado barro de jardim, solo de barranco (terra preta), e esterco bovino, na proporção de 10x4x4, respectivamente. Além de florestais, são produzidas mudas de espécies de uso medicinal, como chambá, colônia, hortelã, boldo, alumã e babosa.
O viveiro florestal do Jardim Botânico do Recife, também conhecido como o “berçário verde”, é responsável pela produção de mudas de espécies prioritariamente arbóreas nativas da Mata Atlântica pernambucana, além de arbustos, palmeiras, entre outras plantas de valor paisagístico, com o objetivo de suprir a necessidade de mudas para plantios em arborização urbana, paisagismo e recuperação de áreas degradadas.